印度尼西亚横跨5,000公里，拥有17,000多个岛屿，岛际交通是规划行程的关键环节。好消息是：主要目的地之间的连接近年来大幅改善，无论是航班频次还是快艇路线都更加完善。
国内航班
何时选择航班： 距离超过3–4小时船程、或没有直接快艇连接时，航班通常是最实用的选择。
主要航空公司：
| 航空公司 | 特点 | 价格区间 |
|---|---|---|
| Garuda Indonesia | 国有航空，准点率最高，服务最好 | 约600,000–2,500,000印尼盾 |
| Batik Air | Lion Air集团旗下，覆盖范围广 | 约400,000–1,500,000印尼盾 |
| Citilink | Garuda旗下低成本，价格实惠 | 约300,000–1,000,000印尼盾 |
| Lion Air | 最大私营航空，价格低但延误率较高 | 约250,000–900,000印尼盾 |
| Wings Air | 小型螺旋桨飞机，覆盖偏远地区 | 约350,000–800,000印尼盾 |
主要航线估价：
- 巴厘岛（DPS）→弗洛雷斯拉布安巴约（LBJ）：约500,000–1,200,000印尼盾
- 巴厘岛（DPS）→日惹（JOG）：约350,000–800,000印尼盾
- 巴厘岛（DPS）→苏拉威西望加锡（UPG）：约450,000–1,000,000印尼盾
- 巴厘岛（DPS）→巴布亚索龙（SOQ）：约800,000–2,000,000印尼盾
购票平台： Traveloka.com 或 Tiket.com 是最推荐的本地购票平台，价格有时低于Google Flights或国际OTA。也可直接通过各航空公司官网购票。
行李规定： 廉价航空通常只含手提行李（7–10公斤）；托运行李另收费（约100,000–250,000印尼盾/20公斤视路线）。Garuda通常含托运行李配额。
快艇（Short-Hop Ferries）
适合巴厘岛到龙目岛/吉利群岛、巴厘岛到努沙佩尼达等2–3小时内的岛际移动。
巴厘岛→努沙佩尼达
出发码头： 桑格尔（Sanur）或帕当拜（Padang Bai） 目的地码头： 努沙佩尼达（Toya Pakeh或Buyuk码头） 时间： 约35–45分钟 价格： 约150,000–250,000印尼盾单程
主要运营商：Maruti Express、Mola Mola Ferry（桑格尔发船较多，早班5:45–7:30最多）。
巴厘岛→吉利群岛→龙目岛
出发码头： 帕当拜（主要）或桑格尔（部分服务） 时间： 帕当拜→吉利特拉旺安约2–2.5小时；继续到塞内吉吉约再20–30分钟 价格： 帕当拜→吉利群岛约350,000–600,000印尼盾
主要运营商：Bluewater Express（信誉最好）、Gili Getaway、Scoot Fast Cruises、Eka Jaya。建议提前在官网或GetYourGuide购票。
实用提示：
- 早班船（8–9时）通常浪小，晕船风险低；午后风浪较大
- 旺季（7–8月）须提前数天购票
- 码头与停靠地点的出租摩托车和行李搬运工索价较高，坚持不需要服务
巴厘岛→龙目岛（慢船）
ASDP慢船： 帕当拜→龙目岛莱姆巴（Lembar）港，约4–5小时，约60,000–150,000印尼盾（视舱位）。每天多班次，24小时运营。价格便宜但舒适度低，适合预算极限旅行者或运输摩托车。
PELNI慢船（跨岛旅行）
印度尼西亚国有轮船公司PELNI运营连接主要岛屿的慢船网络，覆盖从苏门答腊到巴布亚的几乎所有主要港口。
适合： 有充裕时间、预算极低、希望体验印尼普通民众出行方式的旅行者。
不适合： 需要快速移动、重视舒适度的旅行者。
旅行时间举例：
- 巴厘岛→望加锡（苏拉威西）：约24小时
- 望加锡→安汶（马鲁古）：约36小时
- 巴厘岛→科莫多（弗洛雷斯方向）：约20小时
PELNI票务可在各港口或官网（pelni.co.id）购买。等候室条件基本；经济舱为开放甲板或大舱；头等舱有独立舱房（约2–4铺）。
渡轮（Road Crossing）
巴厘岛→爪哇（基塔班渡口） 巴厘岛西部基塔班（Ketapang）到爪哇岛拜卢班（Banyuwangi）：24小时运营，每30–60分钟一班，约40,000–60,000印尼盾（步行旅客）。这是巴厘岛和爪哇岛之间唯一的陆路连接（通过摩托车/汽车上渡船）。行程约45分钟。
龙目岛→松巴瓦（跨小巽他群岛） 龙目岛苏拉达（Surada）到松巴瓦邦（Poto Tano），约2小时，每天多班次，约40,000–80,000印尼盾。这是从龙目岛前往松巴瓦、苏马巴（Sumba）、科莫多和弗洛雷斯的陆路连接起点。
实用规划建议
提前购票的重要性： 旺季（7–8月、12月）热门路线（巴厘→吉利群岛、巴厘→努沙佩尼达）在出发前几天即可售完。对日期固定的旅行者，提前1–2周购票非常必要。
行程弹性缓冲： 印尼的快艇和航班延误相对常见，尤其是天气因素。行程中留出缓冲——不要在快艇到达后的同一天立即乘坐国际航班离境。
摩托车运输： 将摩托车从巴厘岛带到龙目岛（通过慢船）约150,000–250,000印尼盾，是许多长期旅行者的选择。快艇不接受摩托车运输。
码头税： 部分码头收取港口税（约5,000–25,000印尼盾），通常在购票时已含，偶尔须在码头另付现金。